Uniwersytet Mikołaja Kopernika prowadzi większość kierunków studiów w Toruniu. Kierunki medyczne prowadzone są przez Collegium Medicum UMK w Bydgoszczy
Wydział Chemii
- chemia
- chemia i technologia żywności
- chemia kosmetyczna
- chemia kryminalistyczna
- chemia medyczna (wspólnie z Wydziałem Nauk Biologicznych i Weterynaryjnych)
Wydział Farmaceutyczny (Collegium Medicum UMK)
- analityka medyczna
- farmacja
- kosmetologia
Wydział Filozofii i Nauk Społecznych
- architektura informacji
- dziennikarstwo i komunikacja społeczna
- filozofia
- kognitywistyka
- medioznawstwo
- pedagogika
- pedagogika medialna
- pedagogika przedszkolna i wczesnoszkolna
- pedagogika specjalna
- praca socjalna
- psychologia
- socjologia
- sport i wellness (wspólnie z Wydziałem Nauk Biologicznych i Weterynaryjnych oraz Wydziałem Nauk o Ziemi i Gospodarki Przestrzennej)
- zarządzanie informacją i bibliologia
- Międzyobszarowe Indywidualne Studia Humanistyczno-Społeczne
Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej
- astronomia
- automatyka i robotyka
- fizyka
- fizyka techniczna
- informatyka stosowana
Wydział Humanistyczny
- etnologia – antropologia kulturowa
- filologia angielska
- filologia bałkańska
- filologia germańska
- filologia rosyjska
- filologia romańska
- filologia włoska
- filologia klasyczna i studia śródziemnomorskie
- filologia – japonistyka
- filologia polska
- filologia polska jako obca
- komparatystyka literacko-kulturowa
- kulturoznawstwo (w tym sp. kultura Dalekiego Wschodu z j. chińskim albo z j. japońskim)
- lingwistyka praktyczna i copywriting
- lingwistyka stosowana - języka francuski (z językiem arabskim albo czeskim albo hiszpańskim)
- lingwistyka stosowana - język rosyjski (z językiem arabskim albo czeskim albo hiszpańskim)
- lingwistyka stosowana - język włoski (z językiem arabskim albo czeskim albo hiszpańskim)
- east and central euro pean studies
Wydział Lekarski (Collegium Medicum UMK)
- kierunek lekarski
- biotechnologia
- biotechnologia medyczna
- optyka okularowa z elementami optometrii
- inżynieria biomedyczna
- optometria
Wydział Matematyki i Informatyki
- informatyka
- matematyka
- matematyka stosowana
- matematyka i ekonomia (wspólnie z Wydziałem Nauk Ekonomicznych i Zarządzania)
- bezpieczeństwo narodowe (wspólnie z Wydziałem Nauk o Polityce i Bezpieczeństwie)
Wydział Nauk Biologicznych i Weterynaryjnych
- biologia
- biologia sądowa
- biotechnologia
- chemia medyczna (wspólnie z Wydziałem Chemii)
- diagnostyka molekularna
- global change biology
- sport i wellness (wspólnie z Wydziałem Filozofii i Nauk Społecznych oraz Wydziałem Nauk o Ziemi i Gospodarki Przestrzennej)
- weterynaria
Wydział Nauk Ekonomicznych i Zarządzania
- ekonomia
- finanse i rachunkowość
- komunikacja i psychologia w biznesie
- logistyka
- matematyka i ekonomia (wspólnie z Wydziałem Matematyki i Informatyki)
- tourism management (wspólnie z Wydziałem Nauk o Ziemi i Gospodarki Przestrzennej)
- zarządzanie
Wydział Nauk Historycznych
- archeologia
- archiwistyka i zarządzanie dokumentacją
- historia
- studia skandynawsko-bałtyckie
- wojskoznawstwo
Wydział Nauk o Polityce i Bezpieczeństwie
- bezpieczeństwo narodowe (wspólnie z Wydziałem Matematyki i Informatyki)
- bezpieczeństwo wewnętrzne
- politologia
- stosunki międzynarodowe
Wydział Nauk o Zdrowiu (Collegium Medicum UMK)
- dietetyka
- fizjoterapia
- pielęgniarstwo
- położnictwo
- ratownictwo medyczne
- elektroradiologia
- audio fonologia
- terapia zajęciowa
- zdrowie publiczne
Wydział Nauk o Ziemi i Gospodarki Przestrzennej
- geografia
- geoinformacja środowiskowa
- gospodarka przestrzenna
- gospodarka przestrzenna i geozarządzanie
- sport i wellness (wspólnie z Wydziałem Filozofii i Nauk Społecznych oraz Wydziałem Nauk Biologicznych i Weterynaryjnych)
- studia miejskie
- turystyka i rekreacja
- tourism management (wspólnie z Wydziałem Nauk Ekonomicznych i Zarządzania)
Wydział Prawa i Administracji
- administracja
- doradztwo podatkowe
- prawo
- prawo ochrony środowiska
Wydział Sztuk Pięknych
- architektura wnętrz
- grafika
- historia sztuki
- konserwacja i restauracja dzieł sztuki
- krytyka artystyczna
- malarstwo
- ochrona dóbr kultury
- sztuka mediów i edukacja wizualna
Wydział Teologiczny
- teologia (kapłańska, katechetyczno-pastoralna)
- nauki o rodzinie
